Trop habitués au manque de goût, à l'insuffisance de nutriments du pain classique, et de son incapacité à se conserver, les consommateurs ne cessent de s'étonner de la saveur naturelle du pain complet au levain, de la satiété qu'il procure ainsi que de sa capacité à se conserver : jusqu'à une bonne semaine dans la boîte à pain, enveloppé dans un torchon.

Riche en protéines, en vitamines (notamment en vitamines de groupe B, et particulièrement B1 favorable à l'équilibre nerveux), en minéraux, en oligo-éléments et en fibres, le pain complet doit impérativement être issu de l'agriculture consciente de son rôle. Dans le cas contraire, les pesticides risqueraient de se trouver concentrés dans l'enveloppe du grain et donc ingérés. Nénamoins, il n'est pas toujours souhaitable de s'en tenir à une consommation systématique de pain complet bio.

Le pain demi complet convient, par exemple, beaucoup mieux aux personnes dont les intestins sont sensibles, à celles qui souffrent de colites, et aux jeunes enfants qui connaîtront avant deux ans des difficultés certaines à digérer du pain à la farine intégrale.

Le mode de fermentation s'avère également déterminant dans la qualité du pain.
Le vrai levain naturel donne, lorsqu'il est bien travaillé, un pain plus digeste qu'un pain à la levure. La raison en est simple. Lorsque la fermentation s'effectue sous l'action du levain, les bactéries à l’oeuvre se nourrissent d'amidons qui se trouvent alors dégradés en maltose. C'est cette transformation qui facilite par la suite la digestion des amidons dont la structure aurait plutôt tendance à la compliquer.

D'autre part, ces bactéries permettent l'apparition de phytase, élément essentiel pour le travail des intestins, qui neutralise l'acide phytique, un constituant du son particulièrement agressif pour les réserves calciques humaines. Avec le levain, cet obstacle est levé : la phytine est scindée par lacto-fermentation naturelle en inositol (vitamine B) et en phosphates de calcium et de magnesium bio-disponibles. L'assimilation des nutriments peut alors s'effectuer.

Finesse de la farine, mouture lente sans surchauffe, température de la pâte, durée de la levée... : encore faut-il que les opérations de meunerie et de boulangerie soient effectuées dans les règles de l'art pour que se trouver en face d'un bon pain complet, éventuellement tissé d'eau de source et de sel de Guérande, à l'action nutritionnelle réellement bénéfique.

Blé tendre, épeautre, seigle, kamut, multicéréales... les pains complets se présentent sous de multiples versions. L'alternance entre ces pains aux différentes céréales permet de bénéficier de leurs propriétés spécifiques.